阿斯蒂陷入爱河，成为母亲，都是他的疏忽；宫纪和乔安娜莉莉丝产生纠葛，也是他的疏忽。然而，谁又能阻止这些孩子对世界的探索欲和对人的好奇心呢？
想到这里，赫雷斯点了点头，反而又问宫纪：“莉莉丝的健康建立在你的付出上，松枝利用了你的同情，你还会选择救莉莉丝吗？”
宫纪给出了肯定的回答、
赫雷斯说：“真令我吃惊。”
“您的回应也令我吃惊。”宫纪说，“我以为你不做多余的事。”
“看看我在你心中是什么样子。”
赫雷斯无奈地说：“莉莉丝，她是崭新的生命。二十多年前的你也是，如果我是一个利益至上者，第一实验室里就不会诞育你这样的孩子，不会诞育莉莉丝。”
“我们在已有的研究基础上完善了基因编辑技术，只要你愿意，莉莉丝就能重获健康——我们可以让更多的孩子获得新的人生。”
“就像是你作为母亲的完美艺术品出生的那一天。在那一天，我觉得一切都充满希望。”
维持这座实验室四十多年的辛劳并没有摧垮这个老人的身体，有一种狂热的精神，像银色子弹提供给细胞能量的泵一样给予他力量。这一刻他的眼睛里垂颓的眼睛里闪过光芒，眼眶撑开，阴影深深流进皱纹的沟壑。
“是吗？”宫纪如烟如雾的笑容和20年前的阿斯蒂重合，让人误以为自己进入了时空的漩涡，“难道不是我的诞生害死了母亲吗？”
“阿斯蒂的死亡是我的疏忽。我没有阻拦她……也没有得到她的信任。”那个近乎重合的笑容让赫雷斯的脊背慢慢坍缩了下去，佝偻起肩膀时，花白的胡子也在无力地下坠——他终于变得像一个暮年的父亲。
“阿斯蒂，她在我身边长大，几乎没有接触过实验室之外的世界。她决定成为一个母亲，为了让自己的孩子变得有价值，擅自篡改了你的基因，让你成为了一个完美的受试者。”
“她以为只有这样才能让你出生在这个世界上。是我没有早早告诉她——生命在诞生之初就有了意义，她子宫里的生命不需要用价值去衡量。”
原来是这样。
宫纪从赫雷斯的话里补全了又一块拼图。
二十三年前或者更早，阿斯蒂遇到了身为考古学家的父亲。发现自己怀孕后，为了让“宫纪”诞生，阿斯蒂让“宫纪”成为具有研究价值的样品。
二十三年前，0号出生了，组织的人发现了阿斯蒂的爱人。就在这一年，父亲车祸死亡，阿斯蒂发了疯。
gaea计划的变故之后，组织意识到了赫雷斯对第一实验室的绝对掌控，以及这种垂直管控下的管理弊端，于是朗姆开始逐渐瓦解赫雷斯的权力，对第一实验室实施分权。
分权的重要一步，就是外部建立更多正规实验室，招揽大量研究人员。
二十二年前，宫野夫妇加入组织。
但是。
宫纪抬头看向上方，金属严丝合缝地镶嵌，将所有人关在这个钢铁堡垒里，走出这里的人要经过繁琐的报备和彻底的检查，通过两道关卡，被堵住耳目带到组织可控的地方去——这么多年来，从不出错。
所以，母亲到底是怎么遇到父亲的?
“自从库拉索谈到宫警视和组织的渊源后，公安一直在暗地里调查宫警视的父母。”
这间会议室有且只有三个人，窗户大开着，风灌进来，撑起冷淡的窗帘。矢川明走进房间，从活页夹里抽取出一份数据，沿着会议桌滑向柯南和赤井秀一。
“为了不让组织发现端倪，我们的调查非常小心。相应地，进度也很慢，到现在才有了点头绪。”
柯南的下巴枕在赤井秀一的小臂上，看着赤井秀一手中翻过的文件，扬声问：“地下城？”
矢川明抑扬顿挫地叹了口气。
“宫纪的父亲是个考古学家，在车祸的前两年，他偶然和朋友谈到‘我好像发现了一座地下城’。这是原话，在这之后的一年里，他杳无踪迹。再一次回到人们的视野，就是那一场带走他生命的车祸。”
矢川明的指骨按着桌面，身体微微前倾：“isle俱乐部的中心也在一座神社的地下，你们觉得这是个巧合吗？”
“你们认为，宫纪父亲发现的那座地下城，就是组织的实验室？”柯南向后靠坐在沙发上，双手支在颌前，脑子里闪过无数猜测，“完全有可能……如果乌丸莲耶在四十多年前就和政商界名流有所勾结，以他们的财力完全有可能建立一座地下实验室。”
柯南想起那座由黄金所铸的，熠熠生辉的黄昏别馆，所有事关组织的关键线索在脑海里串联。
通过重新审视17年前的羽田案，他得到了关于乌丸莲耶的线索。在那起事件里，组织暗杀了阿曼达，让羽田浩司服用了a药。
23年前，宫纪的出生伴随着一个考古学家和科研者的死亡。
不对，考古学家的死亡？
血腥碎片和谜局在柯南脑子里奔袭而过，过去的探索和解密，一段段似真非真的故事轰然炸响，他的意识回到了黄昏别馆，老人松弛的脸，棋盘和扑克牌，爱恨和欲望，在血腥暴力的夜晚浮现。
40年前的字谜，雨夜里的暴徒，干化的血迹……黄昏别馆里的两段故事如交织的双链，串联起一段埋藏在陈旧时光里的往事。